Za provozováním eshopu jistě souvisí celá řada starostí. Mezi tu základní patří jistě to, vybrat ten správný systém, na kterém bude běžet. Pomineme – li řešení, které si pronajmeme, nebo necháme vypracovat na míru, máme na výběr z několika dostupných.
- OpenCart – Velmi oblíbený systém, který umožňuje řadu funkcí, a to jak z hlediska plateb, tak i slev či zboží.
- osCommerce – Systém, který má za sebou více než 10 let vývoje a jeho obliba čítá více než 250 000 uživatelů po celém světě.
- PrestaShop – Tento systém by se dal taktéž zařadit mezi top systémy. Na našem ale i světovém trhu má mnoho příznivců, doplňků a také samotných programátorů, kteří jsou schopni jeho přizpůsobení na míru.
Mezi další systémy patří i řada jiných, které jsou sice méně využívané, ale mnohým jistě vyhovují. Jsou to systémy Quick.Cart, Ubercart, VirtueMart – který je v principu pouze doplňkem redakčního sytému Joomla, nebo také ZenCart.